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会计师事务所在出具高新技术企业认定审计报告时，要充分认识开展高新技术企业认定的意义，进一步增强主体责任意识、风险意识和法律意识，严格依法诚信执业，严格按照行业规范出具业务报告。在具体的高新技术企业认定审计业务承接和项目执行过程中，会计师事务所应委派更有经验的项目组成员，设计和实施有针对性的审计程序，充分识别、评估和应对可能出现的特别风险。应重点关注以下事项：
1、应当结合申报企业的行业特征、产品(服务)的技术变化等情况，判断申报的研发项目或产品(服务)是否与国家重点支持的高新技术领域相符。
2、从业务承接、项目执行、报告复核、专业咨询等重要环节严格控制，将所实施的审计程序和结论体现在工作底稿中，降低审计风险。
3、充分关注高新技术产品(服务)收入和研究开发费用结构明细表的重大错报风险，在实施风险评估程序的基础上设计和实施进一步审计程序，包括实施控制测试(必要时或决定测试时)和实质性程序，获取充分、适当的审计证据，得出合理的审计结论，作为形成审计意见的基础。
4、高度关注本期各月各品种高新技术产品(服务)收入的波动情况，分析其变动趋势是否正常，是否涉及重大的关联方交易，是否符合申报企业的经营规律(如季节性、周期性等)，查明异常现象和重大波动的原因。
5、高度关注本期主要高新技术产品(服务)的毛利率并与上期比较，关注收入与成本是否配比，检查是否异常，两期之间是否存在异常波动，如有异常波动，应当查明原因。
6、高度关注高新技术产品(服务)收入的确认方法是否与财务报表所采用的收入确认方法一致，是否符合适用的会计准则和相关会计制度的规定，前后各期是否保持一致；关注周期性、偶然性的高新技术产品收入是否符合既定的收入确认原则、方法。
7、高度关注技术性收入中当期开始提供劳务、跨期完工的技术承包、技术服务、接受委托科研等合同，检查其是否采用完工百分比法确认收入，包括检查相关合同或协议、完工进度确认文件以及收款记录，关注完工进度的确认方法是否合理。
8、将各项研究开发项目的研究开发费用项目(科目)进行结构性分析，判断其合理性，作出相应记录。
9、高度关注人员人工的费用核算是否合理，应重点检查应付工资、管理费用(或应付职工薪酬、研发支出)明细账，全年各月份工资表，全年个人所得税申报表，劳动合同、参加社会保险资料，结合研发部门人员名单，确定研发人员的工资费用是否真实，计算是否准确。对受雇的科研人员累计实际工作时间要有在183天以上的证据。
做好以上几点，高新技术企业认定审计工作才能确保万无一失。这是对企业负责，同时也是对政府的负责。提供真实有效的审计报告，减少企业在申报高新技术企业过程中出现的问题，是所有高新审计工作者的职责所在。
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