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高新技术企业认定主管部门：科技、财政、税务部门；其他相关部门：环保、质量/安监、审计等部门。每个部门所审查的要点不同，如：科技部门会对企业技术领域是否属于管理办法或工作指引中的领域、专利权属及专利时效确认、主要产品（服务）收入占高新收入比例是否超过50％、申报前后各期数据对比及与高新年报数据对比、申报材料各项指标核对；财政部门每年定期对承担高企审计的事务所进行底稿等风险检查，并抽选部分企业进行延伸检查、会计师事务所行业协会自律检查。
其中科技部、财政部、税务总局组成全国高新技术企业认定管理工作领导小组（以下称“领导小组”），其主要职责为：
（一）确定全国高新技术企业认定管理工作方向，审议高新技术企业认定管理工作报告；
（二）协调、解决认定及相关政策落实中的重大问题；
（三）裁决高新技术企业认定事项中的重大争议，监督、检查各地区认定工作；
（四）对高新技术企业认定工作出现重大问题的地区，提出整改意见。
领导小组下设办公室。办公室设在科技部，其主要职责为：
（一）提交高新技术企业认定管理工作报告；
（二）组织实施对高新技术企业认定管理工作的检查；
（三）负责高新技术企业认定工作的专家资格的备案管理；
（四）建立并管理“高新技术企业认定管理工作网”；
（五）领导小组交办的其他工作。
各省、自治区、直辖市、计划单列市科技行政管理部门同本级财政、税务部门组成本地区高新技术企业认定管理机构（以下称“认定机构”），根据本办法开展下列工作：
（一）负责本行政区域内的高新技术企业认定工作；
（二）接受企业提出的高新技术企业资格复审；
（三）负责对已认定企业进行监督检查，受理、核实并处理有关举报；
（四）选择参与高新技术企业认定工作的专家并报领导小组办公室备案。
企业取得高新技术企业资格后，应依照本办法第四条的规定到主管税务机关办理减税、免税手续。
享受减税、免税优惠的高新技术企业，减税、免税条件发生变化的，应当自发生变化之日起15日内向主管税务机关报告；不再符合减税、免税条件的，应当依法履行纳税义务；未依法纳税的，主管税务机关应当予以追缴。同时，主管税务机关在执行税收优惠政策过程中，发现企业不具备高新技术企业资格的，应提请认定机构复核。复核期间，可暂停企业享受减免税优惠。
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